Caso você possua 10 itens em estoque a preço de custo de R$20,00 e queira lançar mais 50 itens em estoque, mas a preço de custo de R$30,00. Ou seja, gostaria que todos os 60 itens ficassem com preço de custo a R$30,00. 

Basta ir no Painel Admin, no menu Estoque e zerar o estoque do seu produto. Depois faça um lançamento de 60 itens a R$30,00. Isso deixará os seus 60 itens com preço de custo a R$30,00.